菲律賓雅典耀大學最早起源於1859年，初期只開放於西班牙殖民者的後代，後又開放給當地的菲律賓人就讀。1965年新增加一個科系ART(人文科系)，後更名為Ateneo Municipal de Manila，有教授音樂及藝術等，增加一些專業技術之課程，例如:農業、商業等。

19世紀初，美國政權給Ateneo帶來了一些改變。1921年，美國紐約之耶穌教會取代了西班牙耶穌教會在Ateneo的主導權。1932年，校址遷移至Padre Faura. Ermita。1952年，由於海外基金之援助，Ateneo遷移至現今的校園(Loyola Heights. Quezon City)。

1959年，獲得頒發大學學位資格，而今Ateneo大學不斷擴大為包括文科學學院、商學研究所、法學院等多個獨立學院在內的綜合型大學。除此之外，就如大部分的菲律賓大學一樣，擁有高中及小學。菲律賓現任總統格洛麗亞•馬卡帕加爾•阿羅約曾經就讀該校，並在從政前擔任過該校的助理教授。

雅典耀大學是菲律賓四大名校之一。與美國眾多高校保持長年的學術交流，在海外享有盛譽。Ateneo的中文翻譯名稱眾多，如:阿特尼奧、阿託雷歐、安德雷爾等。雅典耀是華人或講華語的傳教士普遍使用的名稱。